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Desde la creación del Núcleo Aragua, hasta nuestros días los cambios en el ámbito académico, administrativo y de infraestructura han sido muchos. El actual Departamento de Fisiopatología y Farmacología, se originó a partir del antiguo Departamento de Ciencias Funcionales, el cual estaba integrado por las asignaturas que conformaban el área funcional de las disciplinas de Ciencias de la Salud, como Fisiología, Bioquímica, Fisiopatología y Farmacología; este Departamento impartía actividades académicas, tanto para Bioanálisis como para Medicina. Con la reforma curricular de la Carrera de Bioanálisis y la creación de las escuelas de medicina y Bioanálisis, surgió un nuevo orden académico y administrativo caracterizado por la separación de las actividades docentes en función de Escuelas, lo cual culminó con la impostergable independencia académica de las dos carreras a través de sus respectivos Consejos de Escuela. .
En el año 1990, se consolidó la primera reforma curricular de la Escuela de medicina del Núcleo Aragua, que aunado al cambio de régimen de estudio y al alto índice de repitientes, originó una situación crítica en el Departamento agravada por su gran tamaño; estos elementos fueron determinantes para que se decidiera su división en dos Departamentos: Departamento de Fisiología y Bioquímica y Departamento de Fisiopatología y Farmacología. .